電視劇《棋魂》改編自日本同名漫畫《棋魂》，講述了時光在機緣巧合下察覺了一個古老...的棋盤，並結識了盤踞在棋盤內、曆經千年的南梁圍棋第一人——褚嬴。時光也在褚嬴...的影響下慢慢熱愛上了圍棋，並成為一名職業圍棋手。
時光今年18歲，他跪在蘭因寺門前，似乎是要求見什麼重要的人。時光確實有一個很重要的朋友，這個人和他形影不離，就像是他身體-的一部分，別人都看不到他，隻有時光能看到。棋魂海報
他們形影不離-的故事要從1997年方圓市的夏天說起，放學後,的小時光呆呆地站在商店...的櫥窗外，望著裏麵的一輛四驅賽車流口水，可是又苦於沒有足夠-的錢。小時光跑到爺爺的藏書閣翻找值錢的器械，可是天漸漸暗了下來，外麵狂風大雨，裏麵的小時光也恰好找到了一副棋盤。小時光用手摸了一下棋盤，就被一陣光閃得目眩。隨後一種奇怪的聲音傳來，小時光看到一個似人非人似鬼非鬼-的器械從棋盤裏飄了出來。
對方說自己是棋魂，姓褚名嬴，是南梁天下第一的棋手。褚嬴是南梁建康人，自幼學棋，後來在朝中侍奉武帝，伴君弈棋。武帝好弈棋，曾品棋藝優劣，登格者二百七十八，唯有褚嬴棋登一品，當世人稱褚嬴為南梁圍棋第一人。
小時光掙紮著醒過來，察覺自己躺在病床上，旁邊除了護士姐姐，還有爺爺。沒想到褚嬴突然又湧現，把小時光嚇了一跳。小時光懇求護士姐姐和爺爺把褚嬴帶走，可是他們都沒有看到小時光所說-的人。爺爺以為是小時光故意說胡話，好請假不上課，便催著他趕緊和江雪明去上學。
一路上，褚嬴都跟著小時光，可是小時光卻極力想逃。褚嬴告訴了小時光一個故事，自己曾經也遇到了一位少年，他叫小白龍。剛開始小白龍也想盡方法讓自己離開，但都失敗了。小白龍剛好也想成為一名棋手，之後便隻好接受現實。在褚嬴的讚助下，小白龍成為了當世第一的棋士。本以為可以找到神之一手，但沒想到小白龍卻因病早逝了。
神之一手是一個棋手對圍棋的終極追求，幾千年了，從未有人下出過所謂的真正的神之一手。褚嬴勸說小時光協助他繼續下棋，他也能讚助小時光成為很厲害的棋手。小時光玩著手裏-的四驅車，對褚嬴所說的並不感興趣。小時光剛剛轉過頭，就覺得一陣惡心，嘔吐不止。褚嬴告訴小時光，自己一想到不能繼續下棋了就悲痛不已，他的情緒也會轉達到小時光的思想裏。
體育測試的時候，小時光讓褚嬴幫自己成功跳過去，褚嬴滿口準許，可結果卻不盡人意。小時光覺得褚嬴沒用，不僅沒有幫到自己忙，還害的自己獨自掃教室。小時光在教室裏看著外麵正在舉行知識競賽，有一道題全班同學都打不上了，可褚嬴卻能滾瓜爛熟。小時光帶著褚嬴一起贏了這場競賽，順利獲得了獎狀和媽媽的零用錢。
小時光帶著褚嬴去見爺爺，爺爺也是一位圍棋高手。褚嬴指點小時光下棋，可是沒想到第一次下棋的小時光竟然把棋子落到空格裏。爺爺覺得小時光在胡鬧，那本書打發了他。褚嬴用四驅車為誘讓小時光再帶自己去下棋，還將一些基本知識教給他。棋魂海報
次日小時光又找爺爺下去，可是也要卻沒有空，讓小時光自己去玩。希望落空，褚嬴忍不住想起了南梁的最後一天，那日，褚嬴被召進宮，對弈武帝的新寵棋手楊玄保。楊玄保故意挪動褚嬴的白棋，聯合布棋小奴誣陷褚嬴作弊。受盡屈辱的褚嬴抱著棋盤投海自盡，沒想到一霎白光將他的意識封存在棋盤中，從此成為了藏在棋盤裏的一抹魂。小時光被褚嬴的故事打動，決定讚助褚嬴。可是走遍了公園、棋盤室，都沒有看到有人在下圍棋。
就在兩人覺得失望的時候，圍棋會館的招牌映入眼簾。小時光機緣巧合下對弈俞亮，俞亮可是遠近聞名的圍棋高手。在褚嬴的讚助下，小時光贏了這位圍棋高手。俞亮和圍棋會館的人圍在一起討論今天的棋局，時光這個名字刻在了俞亮的腦海中。