《醫者仁心》講述一家公立三甲醫院在一年多的時間裏發生的故事。仁華醫院副院長武明訓（尤勇）雄心勃勃，能力超強，老院長麵臨退休，他即將接任，為了管理好這家醫院，趁去美國出差的機會拜訪老同學，美東有名的心髒外科醫生鍾立行（謝君豪）。鍾立行聖誕前夜搶救了一位不願意接受非人道救助的70歲的心髒移植出現排異反應的患者，並向州器官中心申請再次心髒移植，他的妹妹從外州來探望他，在路上出了車禍，送到他所在的醫院，正遇上鍾立行的妹妹遭遇車禍，鍾立行親自搶救卻無法救活妹妹，妹妹死前簽署了器官捐獻協議，她的心髒被分配給一位鍾立行剛搶救下來的病人。鍾立行被妹妹的愛心感動，克製著悲傷，親自為病人做移植手術，不料患者的女兒突然出現，控告鍾立行違背患者意願，要將他告上法庭。鍾立行完全崩潰。
　　武明訓借機將鍾立行帶回國，一是幫他散心，二是希望能說動他回仁華就職，幫他建立仁華醫院心髒外科的聲譽，增加他就任院長的砝碼。不料鍾立行的到來卻在仁華醫院引起一連串的震動----他精湛的醫術，專業的作風，對醫生職業清教徒般的虔誠讓全院上下無不為之吸引，也在武明訓的妻子，鍾立行的同班同學，麻醉科主任江一丹（陳瑾）心中激起漣漪，鍾立行甚至成為院長的熱門人選。
　醫院接二連三出事，有管理上的疏忽，有技術上的失誤，也有無力回天的醫學局限。患者不理解，醫鬧煽風點火，個別醫生利欲熏心，惹來無數麻煩，仁華醫院成為火藥桶。
　　武明訓與鍾立行產生嚴重分歧，江一丹麵對丈夫武明訓，和自己敬重的鍾立行，選擇了與鍾立行站在一起。一群曾經充滿理想與獻身精神的醫生在艱難的現實麵前或者妥協，或者失重，或者心理枯竭，他們在理想與現實中艱難跋涉，最終，武明訓與鍾立行在衝突與對立中找到平衡點，重新找回希波克拉底誓言給予的崇高與責任，找到了“醫者仁心”的職業信仰。

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