《秘密森林2》講述失去情感的檢察官黃始木（曹承佑飾）和正義溫暖的刑警韓汝珍（裴鬥娜飾）一起揭露檢察機關讚助殺人案及其背後真相的故事。在第一部最後一集中，黃始木被下令降職到慶尚南道南海統營支廳工作。而第二部-的劇本將會以黃始木的新工作單元為背景，講述檢察官和讚助者之間的不為人知的秘密被逐漸揭開的過程。
昏暗的小道上，一輛車在濃濃大霧中前行。車輛裏播放著新聞，男人總是感覺到車後有異常。男人停下車，接聽了電話，對方督促他趕緊回來開會，隨後那邊吵鬧起來掛斷了他的電話。男人查看了四周並未察覺異樣，隨後便繼續駕車來到加油站，可身後突然飛奔過去幾輛警車和救護車。
秘密森林2海報
作為檢察官的黃始木也來到案察覺場，現場圍了一圈警員和群眾，這裏在濃霧的籠罩下顯得更加混亂。黃始木走上前去，兩個警員正對著一雙鞋議論，有些惋惜年輕什麼的喪生。突然他們就察覺了海上漂浮著的屍體，一位男生驚訝地看著，禁不住後退，撞到了黃始木也不自知。黃始木觀察著四周，仿佛“看”到了其時事情發生的樣貌。其時兩個男生在海邊玩耍，男生發生危難的時候自己剛好就將車停在路邊，隻是濃霧將他的視線遮住了。
韓汝珍正躺在床上玩手機，刷到了一對情侶在海邊的照片，她覺得十分有趣。電視上突然播放了晚上的男生溺亡事件，她仔細一看，出事海灘正是情侶拍照,的地方。第二天她來到警局上班，打開電腦，就刷到了那對情侶的照片，隻是昨晚海灘的照片已經被刪除了。韓汝珍想著有些不對勁，趕緊打電話給黃始木，詢問他溺亡事件的具體情況。黃始木告訴韓汝珍，他們三個男生是初中同學，父母給他買車當做是上大學-的禮物，所以應該是即興開車出去海邊玩的。隻不外其中一個男生因為喝醉了才沒有和另外兩人一起去海邊，最後是他報了警。可是其時海灘應該已經封閉，他們又是怎麼進去的呢。黃始木說，也許在年輕人眼裏，警戒線根本不算什麼阻礙。可韓汝珍還是對警戒線存疑，回想起情侶的照片，她陷入了疑惑。到底是男生們將警戒線破壞的，還是情侶先破壞的。想來想去也想不明白。
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韓汝珍扮成買物品...的，在網上聯係了昨晚在海邊拍照的那對情侶，同時讓人協助查出他們的信息。韓汝珍來到那人經常出入的酒店，此時黃始木返回昨晚的海灘檢查警戒線。他慢慢走向海邊，無意察覺了一條被燒斷的警戒線。韓汝珍順著線索來到男子的家，可是裏麵卻沒有人回應。等了許久，廳長打電話來叫他們回去開會。他們前腳剛剛走，男子就駕車返回家中。韓汝珍隨後也開車返回，得知對方是警察之後，男子明顯表現出慌亂和緊張。提起昨晚-的事情，男子情緒越發激動，竟然朝韓汝珍大吼。警員將男子帶回警局詢問，可對方什麼也不願透露。警員說他原來是用打火機截斷的警戒線，男子聽後冷笑一聲，隨即撥打了爸爸的電話。
韓汝珍被叫去開會了，對於她,的遲到，廳長有些生氣。介紹完自己手上案件-的情況後，韓汝珍向廳長道歉，廳長佯裝生氣責怪她。開完會後，警員打電話告訴韓汝珍，男子已經被律師帶走了。黃始木聯係掌握的線索仔細思考，總覺得這些事情有所聯係，他趕緊吩咐手下對那對情侶進行調查。車上，男子和女朋友因為照片的事情爭吵起來，女朋友責怪他將照片刪除引來警方懷疑，可男子卻表現不必大驚小怪，律師會搞定一切。律師讓他們聯係學生私下處置，這樣才能免於被起訴。情侶和律師將學生約了出來，讓他撒謊說沒有在海灘見過情侶兩人。學生在律師的冷言威脅下表現自己會保守秘密，隨後便離開了。
黃始木在家裏收拾器械，同事就打電話來告訴他學生溺亡事件的進展。他說這件事情沒有被起訴，黃始木有些不解。夜裏，他還在想著這件事情。查看了起訴文件後，他察覺了薑原哲,的名字，那是那個沒有去海灘的學生的名字。