1945年日軍投降投降儀式在南京舉行。程慈航身負血海深仇回到故土,他知道幾年前殺害心上人小玉的凶手中田等人一定在南京城內。火車站,各路人馬暗流湧動,程慈航看到了拎著神奇箱子的小野,掉臂一切地追了上去。此時,警察廳長莫采石下令一定要搶到那隻神奇的箱子,對任何阻攔者均格殺勿論。就在程慈航快要製服小野時,警察歐陽倩和關天平趕到,小野逃跑,箱子被一雙神奇的手拿走。
程慈航被看成外國間諜壓上卡車,帶到郊外準備處死。歐陽倩覺得程慈航似乎不是奔著箱子而去,而是拿著箱子的日本人。歐陽倩等人去郊外尋找程慈航,恰巧遇到成功脫逃正在林中喝水...的程慈航。程慈航被帶上警車,他很好奇為何歐陽倩和小玉長得如此之像。
莫采石將火車站眾人爭奪的箱子存進中央博物院的青銅館,告訴青銅館的肖主任,此乃關於日軍生物武器的絕密資料,現命名為五九檔案。
程慈航說自己是莫采石的侄子,無人相信。在獄中,程慈航聽到了一樁離奇的車夫殺人案。飛賊許老二和徒弟斷指收到情報,連夜去青銅館順利盜走五九檔案。警察署署長霍然召集劇情介紹所有警力全力以赴尋找。霍然忽然想起了一個破案高手--程慈航。