《佛渡有緣》從上將石慕雲（金超群飾）開始敘述。石慕雲軍功赫赫，自然在戰場上殺人無數，自感罪孽深重，希望剃度落發，不虞住持不肯意收他為門生，石慕雲隻好自行剃度，改稱石頭和尚。 隋末朝廷黑暗，貪官汙吏數戰無數不堪數枚舉數。一日，一名黑衣女子刺殺坐轎而行的一個貪官，被其手下刺傷，石頭和尚出手救了她，並表現如此怎殺得盡貪官。黑衣女子卻道，她無父無母，無牽無掛，對這些貪官能殺一個是一個。石頭和尚被感動。後精通醫術的石頭和尚又救了一個身懷絕症的女子。兩名女子堅持要拜石頭和尚為師，石頭和尚無奈隻得準許了，但他要求兩人放棄俗家名字，改名為阿舍（楊麗菁飾）、阿得（徐靜蕾飾），然後教阿舍武功，教阿得醫術。 石慕雲昔日好友——上將江成楓逐年老去，膝下有一子一女。兒子江小樓（楊仲恩飾）初掌兵權，喜氣洋洋非凡，犯下了一個致命的紕謬——濫殺無辜，屠殺趙村的所有村民，隻有趙根（盧星宇飾）死裏逃生，起誓要為全村人報仇。 江小樓自以為掌握了兵權，其實這一切都被將軍石濤（王剛飾）操縱著。石濤有一義子石驚天（邵峰飾），天性善良，因礙於母親，的命令而準許為石濤辦三件事，其中一件就是三個月內掩護石濤，的平安。 趙根自不量力報仇，被抓了起來。阿舍、石驚天因同去救趙根而相結識，一見鍾情，為日後埋下了剪賡續、理還亂的情絲。石濤放了趙根，並交給他一隊烏合之眾，要求他去報仇，目的是要襲擊江成楓一家，並添加自己...的軍功。 石驚天向阿舍剖明自己的心意，不虞阿舍因為害怕受到損害而竟然拒絕。石驚天誤以為阿舍對趙根有情而顰眉促額。石驚天曾救過一對苗疆兄妹冷炎（王冰飾）、冷雨（苗紅飾），雖名為手下，實情同兄妹，尤其是冷雨早已對主人暗生情愫。 江小樓在苦竹精舍經石頭和尚指點決定收斂，不濫殺無辜，同時也愛上了阿舍。但阿舍早已心係石驚天，怎會接受江小樓？江小樓認為一個黃毛丫頭都不把他放在眼裏，隨隨便便就拒絕了他，回家自暴自棄。小妹江小嬋勸他不克不及輕言放棄，要讓阿舍慢慢感覺他的好。江小嬋找到趙根，表現情願犧牲自己，請求他放過兄長。不虞趙根獲得了她卻翻臉不認人，轉將江小嬋送給石濤。石濤對自己的新夫人十分心中意足。 江成楓上門要女，石濤拒絕，並謊稱江小樓已經戰死，江成楓被活活氣死，夫人徇情。石頭和尚氣憤至極，與阿舍夜闖侯爺府。三個月期限未到，石驚天不得不阻止了阿舍進侯府，卻阻擋不住武功高強的石頭和尚。但礙於普渡眾生...的和尚身份，石頭和尚打傷了石濤，卻下不了手殺他。石濤大笑：阿舍可以殺他，卻被石驚天阻擋接近不了他；石頭和尚可以接近他，卻下不了手殺他。 江小嬋假稱給石濤買藥，到了阿得所開...的藥店內，終於得知自己雙親的慘死。她將一副祖傳...的藥方交給阿得，阿得看出有一味藥紕謬，不肯害人，但提醒江小嬋可去別處補上最後一味。江小嬋佩服阿得的醫術，抓完藥，回侯爺府煎藥。生性多疑的石濤並不接受江小嬋的藥，江小嬋自己先嚐了一口，石濤才終於喝下了毒藥。臨死之前，江小嬋穿上孝服，為父母發喪。狡猾多端...的石濤怎麼也想不到自己竟死在一個不懂武功...的弱女子手上。 惡戰終於開始，江小樓與趙根一一對決，約好決不牽聯手下。在兩敗俱傷以前，江小樓與趙根的痛恨終於化解，趙根決定隱居，不問世事；江小樓決定投奔李世民，真正幹一番大事業。