福建沿海的一個美麗城市，一家小客棧借著政府鼓勵的小三通的東風，生意辦得紅紅火火。小客棧在為兩岸的人們提供著便利的同時，也發生了很多感人的故事。客棧的主人蔡金龍是當年金門戰役的老兵，努力經營著一家客棧，並有意讓自己的兒子蔡解放和兒媳杜麗娜接過這攤子買賣。沒想到的是，夫妻倆以離婚不離家而收場。隨著台灣某船運公司經理陳世鄉的到來，客棧所有的平衡被打破，陳世鄉和杜麗娜有情人終成眷屬。客棧裏其他成員的故事同樣精彩。杜麗娜的弟弟永遠是英雄過不了美人關，最後發現自己的真愛原來是近在身邊的在客棧酒吧裏唱歌的方依依；給客棧負責菜食供應的賴木瓜也最終實現了他的大廚夢，並出人意料地迎娶了蕭誌玲。船來船往，故事不斷。
    人進人出，船來船往，來自四麵八方的人在老榕樹客棧裏相遇，他們背景不同、出身不一，卻在老榕樹裏發展出了一段段精采感人的故事。
　　老榕樹就像是祖國的縮影，泱泱沛沛、相容並蓄地包容著每一個民族的子民，不管是閩南人、香港人、東北人、四川人，美籍華人，甚至是改革開放後，乘著〝小三通〞的船隻過海而來的台灣人，他們相互之間，有矛盾也有溝通；有爭執也有妥協；他們彼此扶持走過困難時刻，他們相互分享共度美好時光……
　　因為，他們都是中國人！
　　時裝係列單元連續劇《船來船往》是以金廈等地的“小三通”為時代背景，以直航碼頭邊的私家旅館“老榕樹大酒店”以及台灣人創辦的“天天來大酒店”為主場景，以兩家主人之間的競爭與互動，加上往來形形色色不同身份的房客為主要人物關係，進述了兩岸人民同根同源、血肉相親的動人故事，展開了一幕幕悲喜交織人間戲劇，本劇具有實景拍攝、取材實事的特點。
　　一水之隔，船來船往，客棧裏，人群中……，無論尋親探友、謁祖歸宗、經商貿易、尋醫問藥、文化交流、宗教往來、觀光旅遊、婚喪嫁娶等林林種種的故事，無不折射出兩岸民情、民生、民意的光芒。在不觸動兩岸政策法規、敏感話題的同時，使觀眾對本劇認同並具有親和力。通過一個個生動的情節和鮮活的人物，關照著兩岸和平、統一、發展的主題。
　　福建沿海，一處風景秀麗的海濱城市廈門，一直都是兩岸往來的重要據點。尤其在小三通後，台海交流日益密切，客人往來不斷，然而，位在廈門碼頭的老榕樹客棧卻因為經營不善，反而沒有分沾到小三通所帶來的龐大商機，依舊是門可羅雀。
　　老榕樹客棧的老板蔡金龍，是一位戰爭英雄，退伍之後看上了這片美麗的大海，於是與友人投資這棟多年的老建築，開啟了他經營客棧的道路。然而時空變化，老一代的經營理念已經不符現代的要求，雖然求好心切，卻總是力不從心，他的獨生子蔡解放，醉心於木偶的世界裏，對於客棧的經營一點都不放在心上，每天就是跟社團的人一同切磋、研究甚至是互相攀比自己擁有的珍奇木偶，讓蔡金龍振乏力。
　　客棧的服務員阿嬌，是一個勤快的惠安姑娘，每天都會把客棧打理的幹幹淨淨，一塵不染，但其年輕且天真，常常陷入自己的明星幻想世界，有些不踏實。
　　麵對“廈金航線”開通，同業有如雨後春筍般掘起，老榕樹大酒店已不敵競爭，生意逐健漸被比鄰來自台灣創業的“天天來大酒店”總經理吳俊男等人所搶走。
　　有鑒於此，東家易主為了利益上的考慮，決議由北京請來專業的管理者杜麗娜來提升業績。
　　精明能幹的杜麗娜為老榕樹客棧帶來了新氣象以及新規則。一開始，蔡解放與阿嬌都無法適應杜麗娜的獨斷獨行，但為了老榕樹的將來與蔡金龍強烈的要求，忍受杜麗娜所帶來嚴格的新製度、新規矩。
　　在杜麗娜的大刀闊斧下，客棧的生意漸漸地有了起色，也刺激了宿敵“天天來大酒店”的鬥誌振作，在生意上積極競爭，你來我往橫生不少趣味。
　　隨著人潮來的，就是忙碌。身兼廚師的蔡金龍無法負荷如此大的工作量，做出來的菜色漸漸失去統一標準，讓不少慕名而來的客人都頗有怨言。杜麗娜深知這樣下去，好不容易建立出來的口碑將會毀於一旦，因此起了請新大廚的念頭。一個個性、廚藝都迥異常人名廚－鮑魚佬，因緣際會地來到了這裏，成為了老榕樹客棧裏關鍵的一員。
　　故事從杜麗娜應聘為老榕樹的總經理以及鮑魚巧妙加入下，“老榕樹大酒店”與“天天來大酒店”，競爭越來越激烈，在這南來北往的要道上，開啟了一幕幕溫馨感人、幽默逗趣的故事，而兩岸三地同根同源的情誼不知不覺之中，已然融合，畢竟……大家都是中國人。