單元一 過不去的靈魂
　　第1集：黃禾＆第2集：筱青 　　死神少女「渡」，永遠的19歲，奈何橋的守護者，非生非死，無善無惡。所有「過不去」而呼喚死亡的聲音，都可能召喚她…黃禾，是師長疼愛、家境富裕的資優生，但私底下的身分卻是校園黑幫的老大。如此的雙重身分，讓校園中的所有人都對他敬畏三分。黃禾和自然科學老師江萍有一段禁忌的師生戀，不料江老師意外有了身孕，還為此和自己的老公離婚。為了保障自己的前途，黃禾因此產生「死亡」的念頭，無意中召喚死神少女的出現。聰明又漂亮的校花筱青在一場辯論賽中贏了黃禾，引起他的注意。哥哥傻東在不知不覺中被設局陷害，成為黃禾利用來接近筱青的工具。偷偷暗戀筱青的同班同學阿龐察覺黃禾的意圖卻無法阻止他的惡行，氣憤之下召喚出死神少女，即使知道這樣的後果會是永遠離開從小相依為命的外婆，憤怒的阿龐仍然向渡許下了願望………
單元二 心碎團圓夜
　　第3集：小琳（上）＆第4集：小琳（下） 　　第二學期，沈奇的班上來了一個轉校生─葉小琳。沉默寡言的小琳走進教室，依照座位表的分配，走到自己的座位坐下，意外的在椅子上發現了一顆漂亮的黑色石頭（阿龐留下的石頭）。元旦假期到了，小琳從宿舍回到姑姑和姑夫的家中，但兩人工作繁忙，無法額外費心照顧她，某天晚上，兩人甚至忘了叫小琳下來吃晚餐！獨自在房間深受寂寞之苦的小琳，不知不覺中召喚出死神少女。餓昏頭的小琳，在深夜跑到樓下的雜貨店拿了一罐啤酒，並在收銀機中偷走一千元的鈔票，偷偷跑出去，來到河堤旁遇見正在塗鴉的阿介。阿介的作品中恰巧有一幅死神少女的畫像，小琳告訴阿介自己看過死神少女的經過。第二天小琳回到雜貨店，殊不知昨夜偷錢的經過全被監視器拍了下來，憤怒的姑夫告訴她其實是個沒人要的小孩。除夕當天，小琳的父母都沒有來接小琳，深愛父母的小琳無法接受這個事實，不吃不喝、日漸消瘦。在空蕩蕩的房間中，死神少女出現了………最終和父母在奈何橋相遇。這一集中沈奇看見了渡，並與之對話。
單元三 黑色星期天
　　第5集：妮可＆第6集：小唐 　　　妮可接收了小琳的電腦和黑石，持續過著網路援交妹的生活。自從被阿才拋棄之後，妮可每天晚上都到酒店兼差，希望有一天能賺到足夠的錢，帶著母親離開酗酒又好賭的父親，到台北過生活。 　　班上的模範生小唐偷偷暗戀著妮可，一心想為她做些什麼，但妮可總是以冷漠的態度回應。有一天，小唐在好奇心的驅使之下跟蹤妮可，發現她居然在從事援交，心灰意冷！晚上回家時妮可與交不出賭博所欠下的錢而吵架，而後妮可把剛賺到的錢交給母親，在母親藏錢的時候被她的父親發現，搶走了30萬的存款，氣憤的召喚出死神少女許下“不希望家裏有這樣的家人”的願望，即使知道這樣的後果會是變成修補“奈何橋”的石頭。深受打擊的小唐魂不守舍飛快的騎著單車衝出巷口，與妮可的爸爸險些相撞，還債的錢飛散在地，這時正在蹲在地下撿錢的妮可爸爸，因為沒有注意身後的車輛，閃避不及而倒地-喪命… 　　父親死後，妮可良心不安，但受到小唐的真心照顧。妮可決定重新振作，過新的生活…
單元四 不能說的秘密
　　第7集：李優 ＆第8集：阿國 　　一台黑色高級轎車開進校園，一位有著貴族氣質、長相斯文的少年一下車就被草叢中的黑色石頭給吸引，並悄悄地將石頭放進自己的口袋。 　　帥氣的李優一轉到石雨高中就成為校園的風雲人物，也是女學生心目中的白馬王子。和籃球隊長阿國不打不相識，兩人很快的就以兄弟互稱，也因此認識了阿國的妹妹小菊。 　　三人的感情越來越好，尤其是李優和小菊之間的關係也越來越微妙，這一切讓暗戀李優的梅麗內心燃起熊熊的妒火。某天，梅麗意外得知李優不可告人的秘密(李優的身世疑似政治界名人的私生子），愛到瘋狂的她決定用這個秘密威脅李優來和她在一起。另一方麵，阿國得知李優和小菊的關係而感到相當生氣，不支持兩人進一步交往下去。 　　備受煎熬的李優再也掩飾不了內心的憤怒，卻也因此喚醒了死神...
單元五 輿論下的祭品
　　第9集：小菊 ＆第10集：巧巧 　　自從李優離開之後，轉眼間過了一個暑假，小菊和巧巧為了準備化學奧林匹克比賽每天都相處在一起，漸漸的小菊對李優的感情由濃轉淡，巧巧也在不知不覺中愛上了小菊。 　　兩人的感情愈加濃烈，讓小菊對李優有了罪惡感，直到有一天李優告訴小菊她的決定… 　　另一方麵，沈奇為了尋找死神少女的蹤跡來到圖書館，看到關於渡的漫畫，並且下定決心找到黑石的下落，將它永遠收藏起來。就當沈奇準備向小菊詢問黑石的情況時，不小心被騎車的小刀給撞倒，送進了醫院…
單元六 義氣之戰
　　第11集：小刀 ＆第12集：李強 　　小刀因為打記者的事件被學校盯上，卻也因此被黑道網羅，開始替柯桑做事。 　　李強是小刀從小就認識的好朋友，因為暗戀佩佩的關係，不計一切代價將自己的小綿羊機車換成一台很酷炫的重機。 　　愛車如癡的佩佩為了一圓機車的夢想，和李強的關係越來越好，就在她生日那天，佩佩以門禁為藉口拒絕小刀的邀約，卻不小心被小刀看到她和李強出去約會…
單元七 玫瑰少年的煩惱
　　第13集：小侖 & 第14集：大東 　　外表陰柔、心思細膩的小侖擅長指甲彩繪是班上女生的好朋友，不過他過於偏向女性化的個性而常常被校園裏的不良少年大東欺負，家境清寒的小侖也因此被迫幫大東打掃來抵銷被勒索的規費。 　　兩人在古老師的安排下一起參與準備校慶音樂劇的行列，這天，小侖放學後一如往常的來到木工教室打掃，但大東在校園幫派老大的脅迫下必須向小侖要到他應繳交的規費，因此他在小侖打掃的時候企圖以暴力脅迫他，甚至想強脫小侖的衣服！ 　　衣衫不整的小侖倉促的逃到哈雷研究社的社辦，內心充滿著恨怒與不甘，此時突然出現一個聲音：你，想變成一顆石頭嗎?…
單元八 過不去的過去
　　第15集：亞貞 ＆第16集：沈泉 　　新的學期，沈奇的哥哥沈泉來到石雨高中當實習老師，曾是校友的沈泉在高中時代有過一段轟轟烈烈的愛情故事，到現在他都還會想起那個女孩，也因此長期受憂鬱症所苦，平常靠著種種花草來撫慰自己的內心，沒想到無意間發現了埋在土裏的黑石… 　　被繁重的課業壓力和父母過高的期待壓得喘不過去的亞貞，一心向往著外麵的花花世界，和小海一起翹課、喝酒、上夜店，兩人甚至還有了性關係！但是亞貞在沈泉來到班上擔任英文老師之後，卻漸漸的喜歡上他，還為了博取沈泉的注意去補習來加強自己的英文能力，但就在她拋棄小海的時候，發現自己懷孕了…
單元九 沉睡的遺憾
　　第17集：杜荷＆第18集：高超 　　由於對渡的愧疚，沈奇決定要找出渡的過去，因此他回到圖書館找回那本手繪漫畫，沈奇循著線索來到位於舊校區的「石雨漫畫社」，在淩亂的社辦中，看見一份【死神少女】的漫畫手稿，翻開第一頁居然是「渡」的模樣…這讓沈奇進入了五年前的杜荷和高超的過去…… 　　在漫畫大賽的準備中，高超對競爭對手杜荷逐漸產生了曖昧的情愫，也把自己的得意之作換成另一個佳作，而讓杜荷的【死神少女】順利獲得首獎拿到100萬和去日本培訓的機會，杜荷也被高超的行為而感動，然而高超也得到了去日本培訓的機會，並向杜荷提出了畢業後就結婚的請求……
單元十 愛情的訣別
　　第19集：渡 ＆第20集：沈奇 　　知道「渡」就是杜荷的沈奇，決定要找出杜荷的下落。沿著漫畫中的線索一一追查，終於讓他找到漫畫來不及畫完的結局…另一方麵，收到沈奇腦部檢查報告的沈議員，堅持要讓沈奇動手術，也因為沈泉的逝去，讓他對沈奇的管教愈趨嚴格。不想動手術的沈奇帶著黑石，趁夜逃出醫院，來到山上小舅舅的家。沈議員的競選團隊，為了提升沈大偉的形象，大肆刊登議員尋子的消息，並召開記者會以溫情訴求希望大眾幫忙尋找沈奇。沈奇和渡在山上的小舅家，一起目睹這一連串的事件，直到某天，療養院傳來沈奇母親病危的消息……
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