人類與變種人的宿怨與仇恨之戰

　　在《X戰警》的結尾，X教授（帕特裏克·斯圖爾特 飾）和變種人合力把萬磁王（伊恩·邁克蘭 飾）關進了塑料和橡膠做成的監獄，但是，萬磁王這個邪惡變種人的龐大力量顯然不懼這個塑料籠子，於是戰鬥就像X教授對萬磁王說得那樣"I will always be here ，old friend"（我會繼續在這裏等著你，老夥計），他們在接下來的續集裏又將開始新的戰鬥。
　　雖然金剛狼等正義的X戰警為人類做了許多事情，維護了社會的安定，但是人類還是害怕他們說不定會在某個時刻爆發出來的強大力量，他們的生活依然困難重重，隻能住在X戰警的基地——"黑暗之腦"。但是，他們簡單的安定也無法得到人類的寬容：不久前發生了一起美國總統遭到神秘刺殺的案件，許多反對變種人的人們一致認為是變種的X戰警們所為，於是人類派出了史提克（布萊恩·考克斯 飾）將軍對X教授的訓練學校突擊，並逮捕了數名學生。
　　但是，人類並不就此罷休，針對變種人X站警們的強大力量，人類研究出了一種會令變種人致命的全新病毒，自此徹底地引爆人類與變種人兩族之間的仇恨與戰火。麵對變種人生存的巨大危機，邪惡的變種人領袖萬磁王，為完成終極的報複行動，為維係變種人的生存，決定向X教授投誠——麵對人類與變種人之間的宿怨與仇恨，一場終難避免的大戰即將開打了。
　　就在大戰逐步打響之際，金剛狼（休·傑克曼 飾）和暴風女（海莉·貝瑞 飾）等在一起不僅僅配合X教授的戰鬥，也在繼續尋找自己的過去，在這一集裏，他遇到了一個處處與自己作對的女變種人——日本忍者Yuriko Oriyama（胡凱莉 飾），他直覺地預感到這個神秘的女郎很可能和自己的身世關係重大。與此同時，人類打響了與變種人的戰鬥，計劃攻入白宮。X教授率領X戰警們和萬磁王一起，為爭取變種人的生存權力，救出總統，開始了戰鬥……