一個英雄的傳奇、一個舉世震驚的大陰謀，加上一段蕩氣回腸的愛情故事，交織而成一部間諜鬥智式劇集——「上海大風暴」。

主人公歐陽日（林俊賢）乃黑幫頭目歐陽申（劉兆銘）之子，不願意接手父親的黑社會事業，自己開了一家私家偵探社，並因此與父親鬧翻。但後來其父遭人暗殺身亡，歐陽日為了替父報仇，接管了家族事業，並在其父的得力助手楊嶽山和向南（歐陽震華）的協助下展開調查。本來最大的懷疑對象是歐陽日的童年好友，上海某新竄紅幫派的頭目關天培（吳鎮宇），後卻發現另有其人，而真正的凶手居然是歐陽日的親哥哥董一峰（劉青雲）的得力助手馬群。這期間，他們結識了已退隱江湖的黑幫前輩於彪（石堅）的孫女婷婷（劉嘉玲），以及婷的好友也是關天培妹妹的佩佩（蔡嘉利）。不用說大家也能猜到了，日與婷由一對歡喜冤家發展成情侶，佩佩則暗戀上向南。佩佩這女孩麵臨的任務可是很有難度的，因為南的心裏一直暗戀大哥楊嶽山的妻子李倩如。

再介紹反麵陣營。董一峰雖是歐陽日的兄弟，但是自小就被送於董家，並成為上海董家幫的掌門人。歐陽申之死，就是董一峰的得力助手馬群所為。群乃日軍之臥底，利用峰而挑起上海各幫會互相仇殺。

之後，故事就漸入高潮了。董一峰因身份被其幹弟董二峰（陶大宇）揭穿，被趕出董家，失去一切，徹底成為日本間諜的工具。婷遭馬群綁架，並以間諜橫田秋子（劉嘉玲）易容假扮，利用婷祖父之醫院作細菌實驗，欲以此對中國展開細菌侵略。歐陽日在連番追查下，不僅發現一峰竟是其親生兄弟，更發現他已經參與到細菌實驗中，同時亦慢慢察覺到身邊的婷行為有異，至此才明白，他所麵對的是一項國際大陰謀。同時佩佩也發覺婷的異常及細菌實驗基地，被婷等發現後擊昏。佩在昏迷時，南才發覺自己已經愛上了佩佩。

最後是大團圓結局，佩佩醒了過來，餘婷被救出，秋子為保護歐陽日犧牲了自己。日給秋子上墳，墓碑上寫著：一個我曾經愛過的女人。

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