南宋末年，江南少年楊過自小父母雙亡，被父親生前結義兄弟、江湖上有名的大俠郭靖送到天下道教正宗的全真教去學武。全真教教規森嚴，天性叛逆的楊過在教中吃盡苦頭，忍無可忍，終於逃出全真教。被活死人墓中的小龍女收留為徒。師徒二人在墓中一起練武、一起長大，漸生情愫。全真教道士甄誌丙（舊版為尹誌平）迷戀小龍女美色將其奸汙。小龍女憤而離開活死人墓。楊過懵然無知，四處尋找小龍女，在尋找小龍女的過程中恍然明白小龍女對自己的愛意。中原召開武林大會，蒙古金輪國師前來挑戰。關鍵時刻，小龍女和楊過無意中卷入紛爭，助郭靖打敗金輪國師。郭靖佩服感謝小龍女、楊過二人，並要將自己親生女兒郭芙許配楊過。但是楊過卻說要娶小龍女為妻。但師徒通婚違背宋朝禮教，二人愛情不能為世俗所容。小龍女為了楊過能夠被郭靖等人接受，黯然離去，後又萬念俱灰，想要尋死，卻被絕情穀主所救。絕情穀主也被小龍女深深迷住，逼她為妻。
    就在小龍女出嫁前夕，楊過找到了絕情穀中來，二人相逢，頓時愛情之火不可遏製，小龍女知道楊過對自己的感情始終未變，於是拒絕了絕情穀主的婚約，絕情穀主於心不甘，用絕情穀獨有的情花刺傷楊過，唯一能夠解毒的辦法，就是穀中特有的絕情丹。絕情穀主原本想以此脅迫二人，沒有想到，卻引出了自己的元配妻子裘千尺，裘千尺趁機鏟除了穀主。並要楊過拿自己的殺父仇人——郭靖夫妻首級來換解藥。在此之前，楊過發現了自己父親亦為郭靖夫妻所殺！一心要為父報仇的楊過毫不遲疑答應下來。郭靖此時正帶領各方援軍守住襄陽城，抵抗蒙古大軍。楊過被守城中的郭靖的凜然大義和開闊襟懷感染。在關鍵時刻不僅沒有殺郭靖，反而救了郭靖。郭靖女兒郭芙誤會楊過，一劍砍去了他一支胳膊。楊過斷臂昏迷，醒來時偶遇前輩高人遺留的一隻神雕，並在神雕幫助下，練成一身神功。此時小龍女發現了當時自己是被甄誌丙奸汙，千裏追殺甄誌丙，被全真教幾大高手聯手一擊，打成重傷。楊過趕來，小龍女已經是奄奄一息，無法醫治……彌留之際的小龍女穿上新娘的鳳冠霞帔，二人成親。小龍女自知傷重不治，怕楊過傷心陪自己一起死，於是在絕壁下留書：十六年後相會。自己毅然跳進了萬丈深淵！黃蓉安慰楊過，說是小龍女被一個世外高人帶走，十六年後會回來跟他相見。楊過將信將疑，決定等待小龍女十六年。
    十六年後，楊過已經是江湖上鼎鼎大名神雕俠了。雖然名滿江湖，楊過卻一直深居簡出，默默等待著和小龍女重逢的日子。在和小龍女分手十六年後，楊過來到當時小龍女刻字的地方，卻不見小龍女出現。楊過絕望過度，縱身跳入萬丈深淵！在深淵水下，楊過找到了在這裏隱居了十六年的小龍女！原來小龍女也是投崖未死，反而機緣巧合，傷勢痊愈，但卻沒有辦法再出去，於是一直在穀底隱居，二人十六年後重逢，無限欣喜……楊過帶著小龍女離開深淵，前往襄陽。楊過以高強武功，於萬軍之中殺死蒙古皇帝，蒙古大軍頓時崩潰，在襄陽就要失守時解了襄陽十六年的圍困。經此一役，神雕俠侶天下揚名，楊過卻帶著小龍女悄然隱退……
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