佛魔之劍的故事發生在明朝萬曆年間，貴妃童娘娘為了把自己的兒子推上太子之位與東廠公公曹花若合謀，大肆誅殺秉真直諫的禦史，一時間在京城內外掀起腥風血雨，不少知道真相的禦史清官遭遇殺身之禍。給貴妃同娘娘和東廠公公曹花若充當殺手的，正是曹花若三個義子之一的馬行空。 馬行空的父親曾是朝廷高官。父親馬長雲在一場官場風波中無端喪身之後，年幼的馬行空被東廠公公曹花若收養，跟隨曹花若習武讀書，練就一身非凡功夫，成為曹花若的殺人工具。馬行空拿著義父與貴妃同娘娘共同擬就的一份誅殺名單，屢屢出手屢屢得手。一個個清官禦史的人頭落地，馬行空開始為自己的魔鬼行徑後怕反思。
    琴師靈兒是馬行空陷入孤獨困苦時結識的一個純真啞女。和靈兒在一起時的本真感覺，使得馬行空萌生退隱之意。馬行空剛剛萌生退隱之意，義父曹花若就以馬行空拒絕執行殺人任務，而派義子仇虎和冷戰對馬行空實施暗害。仇虎和冷戰的伎倆落空，馬行空從此與曹花若徹底決裂。
    為保護靈兒的安全，馬行空帶著靈兒逃離京城，來到京城外的一家客棧，將靈兒托付給江湖朋友柳冰玉，同時藏匿起將貴妃童娘娘和曹花若擬就的殺人名單。馬行空背叛師門，曹花若決定清理門戶，命義子仇虎和冷戰一路追殺。仇虎和冷戰追至客棧，柳冰玉八麵玲瓏，成功保護了靈兒，將仇虎和冷戰引向馬行空棲身的荒野小屋。
    馬行空在客棧外的荒野小屋為仇虎和冷戰準備好了葬身之地。仇虎和冷戰自知不是師兄馬行空的對手，冷戰發出毒鏢，馬行空躲閃不及身中毒鏢。馬行空處境危險時，黑夜中突然殺出一個蒙麵大俠，擋住仇虎和冷戰，使得馬行空帶傷逃生。馬行空於懸崖處墜崖而“死”，仇虎和冷戰回京城向義父曹花若複命。
    馬行空命不該絕，順懸崖下的溪流漂流而下，得少林寺慧善大師妙手回生。馬行空大難不死，給少林寺帶來騰騰殺機。東廠公公曹花若親自出馬，挾持客棧裏的靈兒，向少林寺奔殺而來。曹花若以劍對準靈兒讓馬行空下跪，靈兒不讓跪，後為了馬行空靈兒撞上了曹賊的劍......少林寺外，馬行空與曹花若不共戴天，刑部總捕頭張無病帶聖旨助陣。曹花若死於馬行空的長劍之下，馬行空了卻家仇國恨，從此投身佛門修行向善。
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