抓捕行動失敗，刑警隊副隊長周慶東英勇犧牲，屍體不知所終；刑警楊天明(海一天飾)頭部受傷。內勤肖耘(陳瑾飾)堅決要求調到刑警隊一線工作，一心想要抓到殺害自己丈夫的凶手。分局的劉局長隻好同意，但條件是一旦破案，抓到殺害周慶東的凶手後，肖耘即返回內勤。

　　刑警隊長李大曾(李誠儒飾)與周慶東是好戰友，跟肖耘關係也非常熟絡，這讓他感覺很難辦，既是戰友的遺孀，又是自己的下級和搭檔，且肖耘辦事認真、偏執，用刑警隊老隊員劉鳳舞(劉金山飾)的話來形容李大增和肖耘就是"冤家碰到對頭"了。

　　上級的決定和肖耘的決心讓誰也不好說什麼，李大曾隻好勉為其難收下肖耘，心想隻要破了案，抓獲殺害周慶東的凶手後，肖耘即可離開刑警隊，返回內勤。

　　讓人沒有想到的是，一緊張就打嗝兒的肖耘居然慢慢開始進入角色了。雖然她經常與李大曾抬杠，較真兒，認死理兒，可是她的認真和執著卻在許多案子的偵破工作中起到了決定性的作用。

　　肖耘的表現讓整個刑警隊的同事們刮目相看。經過幾次大案的洗禮，肖耘慢慢適應了刑警的生活，她的緊張情緒有了好轉，打嗝兒也沒有了，幾次替李大曾解了圍，但也讓人捏著一把汗。急脾氣、直腸子，說話不會拐彎兒--這是她最顯著的特征，為此經常惹惱隊友，但別人拿她沒辦法。周慶東被殺的案子斷了線索，李大曾安慰肖耘，讓她等待機會再抓凶手。而此時的肖耘已經不是剛來刑警隊、天天嚷著要報仇的肖耘了。

　　刑警隊大案要案每天都在發生，但隊長李大曾卻被自己的前妻呂菲弄得焦頭爛額，不得已，他一邊遙控警員破案，一邊與想和自己複婚的前妻周旋。可肖耘卻希望他們能破鏡重圓，因為她太清楚警察的感情世界了，她知道，李大曾其實是想讓呂菲有更好的歸宿，因為他作為一個稱職的刑警隊長實在做不好稱職的丈夫。在一些偶然的事件中，呂菲發現了刑警生活的魅力--當一個殺人案破獲時，李大曾怎麼也不能從案子裏出來，在回家的路上永遠都在念叨著"他像個好人呀，怎麼會是他呢？"

　　她不再煩擾李大增，但卻在心裏麵更愛刑警了。

　　天網恢恢，疏而不漏，周慶東的屍體終於被發現了，這一發現讓肖耘和李大曾找到了新的線索，他們終於找到殺害周慶東的惡魔，並在戰鬥中將其擊斃。

　　本來，肖耘答應過李大增，抓到殺害周慶東的凶手之後就離開刑警隊。可是，刑警隊已經成了肖耘的情感寄托和工作戰鬥的地方，她開始變得和李大曾一樣，把這裏當作了自己的家；而且，李大曾發現自己也離不開這個好搭檔了。

　　就這樣，兩人保持著純潔的戰友情誼攜手戰鬥，將刑警隊員們緊密地團結在一起，形成一個強有力的集體，這個集體保持著旺盛的戰鬥力活躍在城鄉大地上，連續破獲多起大案，案情涉及黃、賭、毒、黑、搶劫、殺人、強奸、縱火等，解救了無數的受害者，沉重打擊了邪惡勢力，成為公安戰線的一支明星隊伍。

　　〖特別關注〗作為係列劇，該劇故事短小引人。而李成儒、陳瑾、劉金山等著名實力派演員的領銜主演，和梁靜、海一天、史亮等優秀青年演員的加盟，使《刑警的故事》擁有了其他同題材電視連續劇所沒有的強大演員陣容。再加上英達、斯琴高娃、劉佩琪、丁勇岱、蔡明、李丁等中國影視界大腕們的傾力捧場，更讓《刑警的故事》集集都是星光燦爛。

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