大唐貞觀年間，兩個人抬著箱子，來到一個胡子頭子那裏。箱子裏麵出來一個年輕女人，顯然是個法醫，勘驗了幾具屍體，隻見屍體臉色慘白，肚子鼓脹。她說已經知道死因了，胡子頭子讓趕緊說出死因，女子說他們把自己綁到這裏勘驗屍體，應該先談酬勞。
當然她也知道胡子們會拿師父威脅自己，正說著，師父出來了，她看師父沒有被拷打的樣子就放心下來，師父很欣慰她來救自己，然則她斥責師父又去賭博，欠了錢才遭人綁架威脅她，她向綁架...的胡子提出條件，她一旦說出死因，就把師父此前的賭債一筆勾銷。
她根據屍體的肚子都鼓脹,的情況判斷是淤血太多導致，五髒都損毀了，胡子自語道殺弟弟的凶手看來是個高手，雖然查出死因了，然則他沒有放過她，聽說她是蘇州城冉家巨細姐，就想勒索她家錢財，她說自己在家不得寵，家裏人不會因為自己給他們錢，胡子就威脅要殺她的師父，她隻好說給錢。
她假裝告訴師父把積蓄給胡子，卻悄悄紮了胡子頭子一針，然後乘隙逃走，胡子趕緊追趕，兩人趕緊穿上別人的衣服掩蓋自己，可是還是被追到一個岸邊，眼看走投無路了，師父隻好跳河逃命，然則她水性不好所以沒跳，此時殺來一人，殺了胡子們，追問胡子頭子關於隋侯之珠...的下落，胡子頭子告訴他在一個叫柳粲的手裏，這個人當晚酉時清酈館交易，據說隋煬帝生前留下了富可敵國的財富，其奧秘就在這個裏麵。
大唐女法醫電視劇海報
消息傳到京城，人稱“官場鬼見愁”的刑部侍郎蕭頌稟報皇上事態嚴峻，擔憂隋朝餘孽想爭奪後又死灰複然。皇上讓他放心，已經派出幾百千牛衛去查，然則都有去無回，隻打探到在一個人手裏，他叫柳粲，是個香料商人，正在趕往蘇州交易。皇上將一把匕首賞賜給蕭頌，是自己成年的時候被先皇賜予-的，希望對他,的這份信任長存於君臣之間，蕭頌表現一定不負信任。
另一邊，那名逃出的女子躲在一處偷看，察覺來者把胡子全殺了，驚歎此人太狠了，趕緊跳河裏了，來者也跳進河裏，察覺她的手帕，上繡著冉顏的名字，於是知道了她的芳名，然後救了她。
冉顏蘇醒之後，奇怪自己是如何回來的，難道是師父救了自己？身邊一個女子叫晚綠，是她...的侍女，還以為她是為了逃婚才跳河自盡，因為這兩天後媽和妹妹又強迫她嫁給蘇家庶子。她已經拖不下去了，於是想到從後院出逃。把那裏的糧倉打開，將麵灑了很多。
此時繼母正和妹妹做著好夢，向往著她嫁給蘇伏之後的事情，突然察覺失火了，這正是冉顏施放的火，她乘隙逃出了家門。
蕭頌一路追蹤柳粲的蹤跡，讓一隻叫飛揚的鷹帶路，然則跟丟了柳粲，於是自己判斷柳粲到了魚龍混雜的地方妓院，他潛入一個溫泉，不巧冉顏為了回避家人追蹤也跳了進去，看他穿的很素雅，不象是這裏的妓人，並且溫泉裏泡,的有柴胡，此人一定得了頭疾，於是告訴他應該按...的穴位。蕭頌以為她是鈴醫，沒想到她撞了一下自己就逃了。
有人要與柳粲交易，柳粲卻說認錯人了，氣得對方甩頭離開，不久，妓院開始演出舞蹈，一名舞姬殺了柳粲，蕭頌沒有從柳粲身上搜出隋侯之珠，估計是被殺的人拿走了，蕭頌趕緊讓人關閉大門搜查，手下來告訴蕭頌說沒人認識剛才殺人的那名舞姬，剛才與柳粲爭吵的叫桑辰，是個做硯台的書生。
搜查中察覺了綢緞莊的掌櫃阿莫裏，還有他的管家叫達拉沙，都是波斯人。冉顏最終被妹妹找到，要求她上轎子離開，冉顏在轎子裏察覺了那個殺手，他用她的全家性命威脅，不要透露自己藏在她的轎子裏。
蕭頌要求所有轎子裏的人下來接受檢查，正想上轎子親自查，冉顏故意說柳粲不是被勒死的，因為死者鼻涕都是向後側的，但這是橫流的，就在說話的時候，蕭頌感覺一個人影一閃而過，趕緊去追，隻見那個殺手已經逃到了地道。冉顏妹妹對蕭頌一見鍾情，告訴冉顏不許和自己搶。
蕭頌兩頭放火，熏出了殺手，殺手扔下一個盒子逃走，可是這個盒子早已經被掉包了。
蕭頌說是要一個房間，指明冉顏陪自己，奇怪她身為郎中卻對死人感興趣，懷疑她放走了轎子裏的人，於是提出條件，隻要她讚助驗屍就不找她麻煩，而她提出...的條件是驗完屍體就走人，並且要費用一百文。冉顏是冉家嫡女，精通醫術卻不肯意做鈴醫，她找到了死因，柳粲頭頂的百合穴被人插了鐵針。